In diesem Anime/Manga geht es um zwei junge Alchemisten, die das größte Tabu der Alchemie gebrochen haben und ihre tote Mutter zurückholen wollen. Edward, der ältere von beiden, verlor sein Bein, während sein jüngerer Bruder seinen ganzen Körper verlor. Ed opferte seinen rechten Arm um Al`s Seele an eine Rüstung zu binden. Ihre Tat blieb aber nicht lange unentdeckt. Ein gewisser Roy Mustang erfuhr davon und bot beiden einen Platz in der Armee an. Ed ließ sich Automails (künstliche Arme und Beine) machen und folgte dem Ruf. Er will mit dem Wissen des Militärs einen Weg finden um den Körper seines Bruders und seinen eigenen wieder zu bekommen. Eine turbulente Reise beginnt bei der sie auf diverse Gestalten treffen, wie Ling Yao aus der Xing Dynastie oder die Homunculi, die einem gewissen „Vater“ gehorchen, der die Weltherrschaft will...